רוב תופעות הלוואי הן קלות או מתונות, ובדרך כלל נעלמות אחרי מספר ימים עד מספר שבועות מתחילת הטיפול.
תופעת לוואי שכיחות כוללות: בחילה, עצירות, שלשול, כאב ראש, עייפות, גרד, פריחה, הקאה, כאב בטן, גזים, כאבים בעצמות, כאבי פרקים, התכווצויות שרירים, חולשת שרירים, כאבים בשרירי השלד אודם ויובש בעור, שינויים במשקל, נשירת שיער, נדודי שינה, הזעות לילה, הזעה מוגברת, , , רעד, הפרעה בקול, רמה נמוכה של אשלגן או מגנזיום בדם, רמה לא תקינה של אנזימי כבד בדם ופרפורים בלב.
תופעות לוואי לא שכיחות: גירוי, נפיחות, גרד, אודם או יובש בעיניים. יובש בפה, , נפיחות באזור הבטן, כאבים בשדיים, דימום מהאף, מפרקים נפוחים וכואבים, עליה בתאבון, הפרעת קשב, חרדה, , הרגשת דחיפות מוגברת למתן שתן, אי יכולת להשיג או להחזיק זקפה, הגדלת החזה בגברים, תסמינים דמויי שפעת, דלקת סמפונות, שלקת בדרכי השתן, הרפס, , , קצב לב מהיר, עיניים בולטות, איבוד משקל ודיכאון. תופעות לוואי נדירות מאד: בלבול, חוסר התמצאות, עקצוץ או חוסר תחושה באצבעות ובבהונות, עליה ברגישות העיניים והעור לאור, קשיים בשמיעה, כאבי אוזניים, מפרקים נוקשים, חולשת שרירים, , דם בשתן, הרגשת קור. תופעות המחייבות התייחסות מיוחדת: עליה מהירה במשקל, כאבים בחזה, לחץ דם גבוה, קצב לב לא סדיר, קשיי נשימה, שיעול, נפיחות ברגליים או בכפות הרגליים, חום, כאב גרון, פצעים בפה, חולשה, זיהומים תכופים.
במהלך הטיפול בתרופה זו, יתכן כי יהיו תוצאות בדיקות דם שאינן תקינות, יש לעדכן את הרופא.
כמו למשל: רמת תאי דם נמוכה, רמה גבוהה של ליפאז או עמילאז, רמה גבוהה של בילירובין או אנזימי כבד בדם, רמה גבוהה או נמוכה של סוכר בדם, רמה גבוהה בדם של הורמון יותרת בלוטת התריס, רמה נמוכה של מגנזיום, אשלגן, נתרן, סידן או זרחן בדם, ועוד.
פרטי תגובה עם תרופות אחרות
נוגדי קרישה: שילוב של נוגדי קרישה עם נילוטיניב עשוי להוביל להגברת הסיכון לדימומים. יש להשתמש בזהירות תוך ניטור קפדני של ערכי קרישה.
תרופות המדכאות את מוח העצם, קרינה: עלולים להגביר את רעילות נילוטיניב. יש צורך להוריד את מינון אחת מהתרופות.
חיסונים חיים: אין לתת לחולים המקבלים תרופות נוגדות סרטן. תרופות אלו מחלישות את מערכת החיסון וייתכן זיהום לאחר חיסון של נגיף חי.
תרופות אנטי-אריתמיות, (להסדרת קצב לב), ציקלוספורין (למניעת דחיית שתל), סימטידין, תרופות נוגדות פטריות ממשפחת הazole- כגון: איטראקונאזול, קטוקונאזול, ציסאפריד, אסטמיזול, פימוזיד, מתדון, נפאזודון, טראזודון, טרפנאדין, קווינולונים, מעכבי פרוטאז-לטיפול באיידס כגון: ריטונאביר, אנטיביוטיקות ממשפחת המאקרולידים כגון: קלאריתרומיצין, אריתרומיצין ומיץ אשכוליות: תרופות אלו עלולות לעכב פירוק של נילוטיניב בכבד דבר העשוי להוביל להצטברות של נילוטיניב בדם וסיכון מוגבר לתופעות לוואי, כולל הפרעות חמורות בקצב הלב.
היפריקום, ריפאמפיצין, דקסאמתאזון ותרופות אנטיאפילפטיות כגון: פנובארביטאל, קארבאמאזפין: תרופות אלו מזרזות את פירוק נילוטיניב וכתוצאה פעילותו מופחתת.
לובסטטין, סימבסטטין- לטיפול ברמות גבוהות של שומנים בדם . בנטילה משולבת עולה הסיכון לבעיות שרירים הקשורות לסטטינים, שבמקרים נדירים עלולות להוביל לפירוק חמור של שרירים (רבדומיאליזיס), שגורם לנזק כלייתי.
השפעת שימוש ממושך
בתקופת הטיפול בתרופה זו יש לערוך בדיקות דם, תפקודי כבד, פעילות לבבית (א.ק.ג--קצב הלב ) ורמות אלקטרוליטים בדם (בעיקר אשלגן ומגנזיום),רמת סוכר ושומנים בדם.